Cuối năm 577, mặc dù hoàn toàn thiếu kinh nghiệm quân sự, Mauricius vẫn được chỉ định làm magister militum per Orientem, chức vụ tổng tư lệnh quân đội Đông La Mã ở miền đông, trong cuộc chiến tranh đang diễn ra chống lại Vương triều Sassanid của Ba Tư, nối nghiệp tướng Justinianus. Vào khoảng thời gian này, ông leo dần lên tới cấp bậc patricius.[8] Rồi sau đó giành lấy một chiến thắng quyết định trong cuộc chiến với người Ba Tư vào năm 581. Một năm sau, ông kết hôn với Constantina, con gái của Hoàng đế. Ngày 13 tháng 8, ông kế thừa cha vợ làm Hoàng đế. Sau khi lên ngôi, ông nắm quyền cai trị một đế quốc bị phá sản. Đang chiến tranh với người Ba Tư, phải cống nạp rất cao cho người Avar, và các tỉnh Balkan thì bị người Slav tàn phá hết mức, khiến cho tình hình của đế chế đã đến hồi nguy cấp.

Mauricius vẫn phải tiếp tục cuộc chiến chống lại người Ba Tư. Năm 586, quân đội của ông đã đánh bại họ tại một trận đánh lớn ở phía nam Dara. Bất chấp một vụ bạo loạn nghiệm trọng xảy ra vào năm 588, quân đội vẫn tiếp tục cuộc chiến và thậm chí đảm bảo một chiến thắng quan trọng trước thành Martyropolis. Năm 590, hai anh em Parthia Vistahm và Vinduyih đã dấy binh phế bỏ vua Hormizd IV và lập người con út là Hoàng tử Khosrau II làm vị vua mới. Thế nhưng nguyên Thống soái Iran Bahram Chobin, từng nổi dậy chống lại Hormizd IV trước kia liền tuyên bố tranh ngai vàng về phần mình và đánh bại Khosrau, khiến ông cùng với hai anh em Parthia về sau phải trốn sang triều đình Đông La Mã. Dù Viện Nguyên lão đã lên tiếng chống đối, Mauricius vẫn điều động 35.000 quân giúp đỡ Khosrau giành lại ngôi vua. Năm 591 liên quân Đông La Mã-Ba Tư dưới sự chỉ huy của tướng John Mystacon và Narsesđã đánh bại lực lượng của Bahram Chobin ở gần Ganzak trong trận chiến Blarathon. Chiến thắng mang tính quyết định; Mauricius cuối cùng đã đưa chiến tranh đến hồi kết thúc vẻ vang khi Khosrau tiến vào kinh đô làm lễ đăng quang.

Sau đó, Khosrau có lẽ đã được hoàng đế nhận làm con nuôi. Tân vương Ba Tư tiếp tục thưởng công cho Mauricius bằg cách nhượng lại cho Đế quốc phần phía Tây xứ Armenia đến hồ Van và Sevan, bao gồm các thành phố lớn như Martyropolis, Tigranokert, Manzikert, Ani và Yerevan. Hòa ước của Mauricius đã mang lại nguyên trạng mới về phần lãnh thổ miền Đông, mở rộng đến một mức độ mà đế chế chưa từng đạt được, và cái giá rẻ hơn nhiều cho việc phòng vệ trong thời gian hòa bình vĩnh cửu mới này – giúp tiết kiệm hàng triệu đồng solidi nhờ giảm bớt việc cống nạp cho một mình người Ba Tư. Sau đó, Mauricius bèn áp đặt một sự hợp nhất giữa Giáo hội Armenia và Tòa Thượng phụ Constantinopolis.